Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku o sygn. I FSK 1012/13 orzekł, iż w sporze między konsorcjum budującym terminal LNG w Świnoujściu a Ministrem Finansów racje ma to pierwsze. Z powyższego wynika, iż podmioty wchodzące w skład konsorcjum nie są zobowiązane do zapłaty podatku VAT w wysokości miliarda złotych wraz z odsetkami za ostatnie 4 lata.
Terminal LNG w Świnoujściu miał zapewnić dywersyfikację dostaw źródeł energii Polsce. Jednak jego powstawanie napotyka liczne problemy, choć miał to być jeden z priorytetowych projektów, zwłaszcza w kontekście ostatnich zdarzeń na wschodzie oraz możliwością stosowania energetycznego szantażu przez Rosję. W celu jego budowy powołano nawet spółkę Polskie LNG S.A. należącą do operatora systemu przesyłowego gazu, spółki Gaz-System. Inwestycja jest pierwszą tego typu instalacją w naszej części Europy, pozwoli ona na sprowadzenie do 5 mld m³ gazu ziemnego rocznie. Całkowity koszt terminalu na dzień dzisiejszy to kwota około 3 mld zł, kwota łącznych wydatków do zakończenia prac szacowana jest na 4,5 mld zł.
Spór między Ministrem Finansów a konsorcjum budującym terminal LNG w Świnoujściu dotyczył interpretacji indywidualnej przepisów prawa podatkowego w zakresie podatku od towarów i usług w przedmiotowym zakresie. Główną osią sporu było zagadnienie opodatkowania podatkiem VAT rozliczeń międzyokresowych, którymi posługiwało się konsorcjum. Wyglądały one w niżej opisany sposób: w przypadku gdy jeden z partnerów konsorcjum dostarcza określone usługi wystawia on fakturę na nie liderowi konsorcjum, z kolei lider wystawia fakturę łączną Polskie LNG S.A. Logiczną konsekwencją powyższego jest sytuacja, kiedy zysk partnera konsorcjum przewyższa kwotę określoną na fakturze za usługę.
W związku z tak skonstruowanym systemem rozliczeń partnerzy konsorcjum zwrócili się do Ministra Finansów z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej przepisów prawa podatkowego. W wyżej wskazanym wniosku zadali następujące pytanie: czy takie rozliczenia międzyokresowe podlegają opodatkowaniu podatkiem VAT. Zdaniem Ministra Finansów podlegają one opodatkowaniu VAT. Z powyższym stanowiskiem nie zgodzili się partnerzy konsorcjum i zaskarżyli interpretacje indywidualną do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego, który podzielił stanowisko partnerów konsorcjum. Minister Finansów zaskarżył poprzedni wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie o sygn. III SA/Wa 2178/12 w związku z tym sprawa została rozpatrzona przez Naczelny Sąd Administracyjny.
W swoim wywodzie Naczelny Sąd Administracyjny podkreślił, iż sposób podziału kosztów i przychodów, jak również rozliczenia międzyokresowe w obrębie konsorcjum, nie wiążą się z żadnym przekazywaniem władztwa ekonomicznego nad towarami, zatem nie podlegają VAT. Ponadto w opinii Sądu art. 5 ust. 1 pkt. 1 ustawy o VAT stanowi, że opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlegają odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju. Tym samym operacje księgowe polegające na dostosowaniu ponoszonych przez podatnika kosztów i uzyskiwanych przychodów do właściwych okresów sprawozdawczych pod postacią rozliczeń międzyokresowych dokonywanych na podstawie art. 39 i art. 41 ustawy o rachunkowości, jeżeli dokonywane są niezależnie od fakturowanych dostaw i usług, nie mogą same w sobie stanowić czynności opodatkowanych. Inna interpretacja prowadziłaby do podwójnego opodatkowania.
